BIGSdb-Pasteur> est une plateforme bioinformatique développée par l’Institut Pasteur pour la gestion, l’analyse et le partage de données de séquences bactériennes. Elle permet notamment de typer et comparer des souches bactériennes d’intérêt pour la santé publique, dans une optique de surveillance épidémiologique.
Domaines
- Expertise
- Recherche
Thèmes
- Gestion de crise et politiques de santé
Sous-thèmes
- Maladies infectieuses émergentes, One Health, santé publique, surveillance
Pays
- Plusieurs pays
Équipes participantes
Unité BEBP, Centre des Ressources Biologiques Institut Pasteur (CRBIP)
Institutions partenaires en France
Institutions partenaires à l'étranger
Résumé de l’activité
BIGSdb-Pasteur est une infrastructure scientifique ouverte pour le génotypage et la surveillance épidémiologique des bactéries pathogènes. Elle fournit des nomenclatures standardisées des souches bactériennes des espèces de haute importance en médecine. Elle est utilisée par des communautés de recherche, de surveillance et de santé publique pour comparer, interpréter et partager des données génomiques au suivi de l’émergence des maladies infectieuses bactériennes et de l’antibiorésistance.
À ce jour, BIGSdb-Pasteur compte dans ses bases plus de 130K génomes et plus de 145K isolats pour 15 espèces hautement pathogènes comme Klebsiella pneumoniae, Listeria monocytogenes etc.
Cette plateforme repose sur un logiciel unique et continuellement mis à jour depuis 2011, BIGSdb, développé par des équipes dédiées à Oxford University, où est hébergé la plateforme complémentaire PubMLST.
Les deux plateformes, PubMLST et BIGSdb-Pasteur, permettent une surveillance épidémiologique reproductible, fondée sur des standards partagés, et soutiennent à la fois la recherche, la santé publique et la préparation aux crises sanitaires. La transmission des souches bactériennes entre les compartiments écologiques peut être tracée plus facilement grâce aux nomenclatures standard de souches et moyens d’analyse fournis par la plateforme BIGSdb-Pasteur, à ce titre permettant une analyse dans un contexte ‘One Health’ de la transmission des bactéries et leur résistance aux antibiotiques.
Contact projet
Sylvain Brisse
sylvain.brisse@pasteur.fr
